מגילות קומראן, (שמות נרדפות: מגילות ים המלח והמגילות הגנוזות), על שם המקום בו נמצאו רובן, במערות קומראן שבמדבר יהודה, וכן באתרים נוספים באזור. עתירת ממצאים במיוחד הייתה מערה שנמצאו בה 15,000 קטעי מגילות בקירוב, ששרדו מתוך 600 כתבים שונים. האחרונה במערות, שבה נמצאו שרידי מגילות אותרה בשנת 1956 כאשר בה נחשפו יצירות ארוכות, בהן מגילת תהלים, תרגום לארמית של ספר איוב ומגילת המקדש (8.148 מטרים). ובסופו של דבר נתגלו אחת-עשרה מערות שבתוכן נמצאו מגילות קדומות, ונחשפו גם שרידיו של היישוב הקדום. בשנת 1947 מוחמד א-דיב, נער בדווי משבט תעמרה שרעה את צאנו באיזור איבד את אחד העזים שלו, כאשר הלך לחפש את העז מצא באופן מקרי כד חרס שבתוכו מגילות, עניין זה עורר התלהבות נרחבת וגם עיסוק מחקרי רציני לאורכה של כמה עשרות שנים מאז הגילוי הראשון. התלהבות זאת מקורה במה שניתן ללמוד ממגילות ים המלח על תקופת הבית השני (520 לפסה"נ-70 לסה"נ).

במכלול הממצאים הראשון שגילו הבדואים במדבר יהודה, היו שבע המגילות הארוכות ממערה 1. היה זה זמן קצר קודם שפרצה מלחמת העצמאות, ומאורעות אותם ימים האפילו, מטבע הדברים, על ראשית המגעים לרכישת המגילות הללו. זמן קצר לפני ההכרזה על כינונה של מדינת ישראל עלה בידי א"ל סוקניק, פרופסור באוניברסיטה העברית, לרכוש בחשאי שלוש מן המגילות, שהיו ברשותו של סוחר עתיקות ערבי-נוצרי מבית לחם. ארבע המגילות האחרות הגיעו לידיו של מר אתנאסיוס ישוע סמואל, שכיהן כמטרופוליט של מנזר מרקוס הקדוש (סורי-יעקוביטי) בירושלים. בשנת 1949 הוא נסע לארצות הברית ועמו המגילות, אך חמש שנים חלפו עד שעלה בידו למצוא להן קונה. מודעה פורסמה בעיתון האמריקני וול סטריט ג'ורנל ביוני 1954 מטעמו של מר סמואל, בה הוצעו למכירה ארבע מגילות מים המלח. הדבר הובא לידיעתו של יגאל ידין, בנו של פרופ' סוקניק, לאחר משא-ומתן ממושך, ובסיוע מתווכים, נרכשו ארבע המגילות מאת מר סמואל בתמורה לתשלום בסך 250,000 דולרים.
גילויין של מגילות ים המלח עורר מחלוקת לוהטת בחוגי החוקרים באשר לזמנן ובאשר לזהותה של הקהילה, שבה חוברו החיבורים הקדומים. פרופ' א"ל סוקניק, שקבע תחילה את זמנן של המגילות לימי הבית השני, הבחין במשמעותן המיוחדת והעלה את הסברה – שכיום היא מקובלת על רבים – שאלה הם שרידיה של ספריית כת האיסיים. כשסברה זו הוצגה בראשונה התייצבו נגדה בתוקף רב חוקרים אחדים, אשר הטילו ספק הן בקדמותן של המגילות והן באותנטיות של היצירות.
עמדת החוקרים כיום באשר לזמנן של המגילות ובאשר לרקען ההיסטורי והתרבותי מעוגנת ממצאיהם של מחקרים שונים – היסטוריה, פליאוגרפיה ולשון – הזוכים לאישוש ברור בתיארוכם הנקבעים בבדיקות פחמן-14. מגילות אחדות נכתבו והועתקו במאה ה3 לפסה"נ, אך רובן המכריע, ובעיקר אלו המשקפות אמונות ואורחות-חיים של כת מתבודדים, הוא כתבי-יד מקוריים או העתקות מן המאה ה1 לפסה"נ; כתבים אחדים זמנם מאוחר, מן השנים שקדמו לחורבנו של היישוב בחורבת קומראן בשנת 68 לסה"נ בידי הרומיים.
המגילות הינן מקטעים של כ-800 כתבים או ספרים מתקופת הבית השני. 30% מהמגילות הן חלקים של ספרי התנ"ך. כ-25% מהמגילות הם "ספרים חיצוניים". 30% מהמגילות מהווים פרשנויות רבניות והנחיות רבניות של אותה הכת. כאשר רוב המגילות נכתבו על קלף, וחלקן נכתבו על גבי פפירוס.
גילוי המגילות נחשב לאחד מהממצאים הארכיאולוגיים החשובים ביותר מאז ומעולם. למרות שחלקים מן הכתוב במגילות ניזוקו ואין אפשרות לשחזרם, רובן נשמרו בצורה מעוררת פליאה, וזאת בשל האקלים היבש השורר באזור ים המלח. רוב המגילות כתובות בעברית, ומיעוטן בארמית וביוונית.
בין היתר שופכות המגילות אור על חייהם של אנשי כת האיסיים, אחת הכתות היהודיות בתקופת בית שני, שלפי מרבית החוקרים הם אלו המוזכרים בכתביו של יוסף בן מתתיהו.
רוב הקטעים שרדו מתוך חיבורים רבים ושונים - בעברית, בארמית, וביוונית - ובהם: ספרים של אנשי כת מדבר יהודה המתארים את השקפת עולמם  ואורח חייהם, קטעים מספרים חיצוניים, וחלקים מכל ספרי התנ"ך (פרט למגילת אסתר), ובהם גם נקודת השיא של כל הממצא, ספר אחד, ספר שנשמר כמעט בשלמותו המלאה – ספר ישעיהו הנביא. קטעי המקרא שבמגילות, ובראשם ספר ישעיהו, הם כיום כתבי היד העתיקים ביותר של התנ"ך שהגיעו לידינו לאחר שהיו חבויים במשך כאלפיים שנה. עד לגילוי המגילות היו כתר ארם צובה וכתב יד לנינגרד  כתבי היד העתיקים ביותר של התנ"ך - אך זמנם מאוחר באלף שנה (בערך) מזה של מגילות מדבר יהודה. נוסף על קטעים מספרי התנ"ך.

בין המגילות נמצאה מגילה המתארת את תקנון הכת ואת תפיסת עולמה - ומכאן חשיבותן להכרת התרבות היהודית בתקופת הבית השני. למגילות ערך רב גם בבדיקת נוסח המקרא והמסורה מתקופה מוקדמת זו, והן תרמו תרומה חשובה לחקר המקרא והלשון של תקופת הבית השני. לחוקרים הסתבר כי הקטעים של ספרי המקרא שבמגילות כוללים נוסחים שונים של התנ"ך, ולא רק את הנוסח המוכר היום - נוסח המסורה. כמו כן נמצאו במגילות רמזים לאירועים פוליטיים שהתרחשו בירושלים, ואפשר ללמוד מהם על תולדות ממלכת יהודה בתקופת הבית השני. המגילות היו מקור מידע חשוב במגוון תחומים: היסטוריה, תרבות, לשון ונוסחים של טקסטים קדושים - ולפיכך משכו את התעניינותם של חוקרי מקרא והיסטוריונים, ארכיאולוגים ובלשנים וכן אנשי דת נוצרים, "וגרמו להתרגשות ניכרת בקהל הרחב".
אגב ישוע אינו נזכר באף מגילה, וגם לא כל דמות אחרת מהברית החדשה.
מגילת ישעיהו היא המגילה היחידה שנמצאה בשלמותה, מבין 180 המגילות המקראיות שנתגלו בקומראן. המגילה מוצגת כיום במוזיאון ישראל בירושלים, ב"היכל הספר" – (חלון הראווה של התרבות הישראלית בעולם).
זמנה של המגילה הוא בערך במאה הראשונה לפני הספירה. נוסח המסורה המצוי בידינו מאוחר בערך באלף שנים מנוסח המגילה, ובכל זאת הוא משמר נוסח מקורי יותר מן הנוסח של המגילה, למשל מבחינת הכתיב: במקרים רבים יש במגילת ישעיהו כתיב מלא המשקף שלב מאוחר יותר בתולדות הכתיב העברי – כיא (כי), לוא (לו), רואש (ראש); או שינויים באוצר המילים, כגון: שם העיר דמשק בישעיהו (ז), כמקובל במאה השמינית לפני הספירה, בימי הנביא, מופיע במגילה בצורה "דרמשק" – לפני השינוי שחל בשם העיר במאה החמישית לפני הספירה.
חשיבות הממצאים הללו היא דווקא לאחד הויכוחים הגדולים ביותר בין יראי אלוהים ולבין חסידי  אתיאיזם ואבולוציונרים, על השאלה כיצד יכול לשמור על עצמו המקרא לאורך כלכך הרבה זמן ללא שינויים, שהרי קרוב לוודאי שהשתנתה צורתו כלכך הרבה פעמים במהלך השנים על ידי בעלי אינטרסים כאלה ואחרים או פשוט מהעתקות רבות כלכך. על אחת כמה וכמה נבואות חשובות שנערכו אל תוך התנ"ך לאחר שכבר קרו – אחת הטענות הגדולות של מבקרי כתבי הקודש למיניהם. אך אם אנו יודעים להעיד על חלק מהתנ"ך שבידנו כבן אלף שנה (כדוגמא ספר ישעיהו) והוא כמעט וללא שינוי מהותי מהמגילה שהיא בת אלפיים שנה שזה עתה מצאנו בים המלח, שהרי זה להעיד על כך שלא נעשו שינויים של ממש בתוכן במשך לפחות אלפיים שנה, זו היא עדות נפלאה על שמירתו בקפידה של התנ"ך לאורך ההיסטוריה בצורה שחייבת לעורר כבוד לאשר כתוב בו ומאמתת את אמינותו.
קצת אירוני שדווקא ספר ישעיהו הוא זה שנשאר בשלמות, שהרי הנבואה הידועה ביותר על המשיח, על סבלו, על דחייתו על ידי עמו הרי הוא עם ישראל, ועל מותו מכפר החטאים של המשיח שנמצאת בפרק נ"ג של הספר, לא עוד יוכלו להציע מתנגדי האמונה שהיו אלה בעלי אינטרסים שהכניסו את הכתוב בפרק בתחילת זמנה של הכנסייה הקתולית (מהמאה הרביעית ואילך).

_{טוב, עמנואל. "על מגילת ספר : מאמרים על מגילות מדבר יהודה". י"ל מאגנס 1997
קם, מתיה. "המסע בעקבות הכתר". מט"ח 1999
הרקוב זהר. "להקים ממלכה". מט"ח 2005
מט"ח, "מקראנט - מגילות ים המלח". מט"ח 2005}